Programy SR
- Program Slovensko – riadiacim orgánom je Ministerstvo regionálneho rozvoja, investícií a informatizácie SR
- Program Rybné hospodárstvo – riadiacim orgánom je Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR
- Fondy pre oblasť vnútorných záležitostí – Fond pre azyl, migráciu a integráciu (AMIF), Fond pre vnútornú bezpečnosť (ISF) a Nástroj finančnej podpory na riadenie hraníc a vízovú politiku (BMVI) – riadiacim orgánom je Ministerstvo vnútra SR
Programy územnej spolupráce
Cezhraničná spolupráca
- Interreg VI Slovensko – Česko – riadiacim orgánom je MIRRI
- Interreg VI Slovensko – Rakúsko – riadiacim orgánom je MIRRI
- Interreg VI Maďarsko – Slovensko – národným orgánom je MIRRI
- Interreg VI Poľsko – Slovensko – národným orgánom je MIRRI
- Interreg VI-A NEXT – Maďarsko – Slovensko – Rumunsko – Ukrajina – národným orgáom je MIRRI
Nadnárodná spolupráca
- Interreg Dunajský nadnárodný program 2021 – 2027 – národným kontaktným bodom je MIRRI
- Program Interreg Stredná Európa 2021 – 2027 – národným kontaktným bodom je MIRRI
Medziregionálna spolupráca
- Interact IV – národným kontaktným bodom je MH SR
- Interreg Europe 2021 – 2027 – národným kontaktným bodom je MH SR
- URBACT IV – národným kontaktným bodom je MDV SR
- Program spolupráce ESPON 2030 – národným kontaktným bodom je MDV SR
Programy priamo riadené EK